L’esecuzione dell’ordine inferiore della facciata è opera di Scipione Lachibari e Francesco Bischetimi mentre con ogni probabilità i disegni per le decorazioni furono forniti da Giovanni Bernardino Genuino.

Realizzata in carparo, presenta nicchie classicheggianti occupate dalle statue di San Sebastiano e San Fausto, compatroni della città e sopra il portale di Sant’Agata.

Nell’ordine superiore trovano posto le statue di Santa Marina e Santa Teresa d’Avila. Sulle volute sono i busti dei Santi Agostino e Giovanni Crisostomo a cui un tempo la chiesa era dedicata. L’ordine superiore, importante testimonianza della diffusione del linguaggio zimbalesco, è separato dall’ordine inferiore medinate una trabeazione con andamento «a greca».

L’interno, a croce latina si presenta, a tre navate scandite da colonne doriche. La pittura riveste un ruolo importante sia con le grandi tele del pittore Giovanni Andrea Coppola (1597-1659) (Anime del Purgatorio, S. Giorgio, I Miracoli di S. Francesco di Paola, l’Adorazione dei Magi, l’Assunta, il Martirio di S.Agata, la Vergine e i Santi Nicola e Oronzo) sia con le tele del pittore giordanesco Nicola Malinconico (1663-1727) di cui in controfacciata la Cacciata dei mercanti dal Tempio. Sulle pareti e sulle volte del coro altri episodi del Vecchio e del Nuovo Testamento e nel transetto le grandi pale d’altare come il Martirio di San Sebastiano.

Di notevole rilevanza sono inoltre l’altare maggiore in preziosi marmi policromi e il coro ligneo e il pergamo intagliati di Giorgio Aver.